Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding

توضیحات

ABSTRACT

Inter simple sequence repeat (ISSR)-PCR is a technique, which involves the use of microsatellite sequences as primers in a polymerase chain reaction to generate multilocus markers. It is a simple and quick method that combines most of the advantages of microsatellites (SSRs) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) to the universality of random amplified polymorphic DNA (RAPD). ISSR markers are highly  polymorphic and are useful in studies on genetic diversity, phylogeny, gene tagging, genome mapping and evolutionary biology. This review provides an overview of the details of the technique and its application in genetics and plant breeding in a wide range of crop plants .

INTRODUCTION

DNA markers have proved valuable in crop breeding, especially in studies on genetic diversity and gene mapping. The commonly used polymerase chain reaction (PCR)-based DNA marker systems are random amplified polymorphic DNA (RAPD), amplified fragment length polymorphism (AFLP) and more recently  simple sequence repeats (SSRs) or microsatellites (Staub et al., 1996; Gupta & Varshney, 2000). The major limitations of these methods are low reproducibility of RAPD, high cost of AFLP and the need to know the flanking sequences to develop species specific primers for SSR polymorphism. ISSR-PCR is a technique that overcomes most of these limitations (Zietkiewicz et al., 1994; Gupta et al., 1994; Wu et al., 1994; Meyer et al., 1993). It is rapidly being used by the research community in various fields of plant improvement (Godwin et al., 1997). The technique is useful in areas of genetic diversity, phylogenetic studies, gene tagging, genome mapping and evolutionary biology in a wide range of crop species. In this method SSRs are used as primers to amplify mainly the interSSR regions. SSRs or microsatellites are short tandem repeats (STRs) or variable number of tandem repeats  (VNTRs) of 1–4 bases of DNA ubiquitously present in eukaryote  genomes (Tautz & Renz, 1984). They are dispersed throughout the genome and vary in the number of repeat units. The details of the technique and its major applications are discussed in this review.

چکیده

تکرار پیوند ساده بین (ISSR) -PCR یک تکنیک است که شامل استفاده از توالی های ریزماهواره به عنوان آغازگرها در یک واکنش زنجیره ای پلیمراز برای تولید نشانگرهای چندگانه می باشد. این یک روش ساده و سریع است که ترکیبی از بیشتر مزایای میکروسکابل (SSRs) و پلی مورفیسم طول قطعه تقویت شده (AFLP) به جهانی بودن DNA پلیمورفیک تصادفی (RAPD) است. مارکرهای ISSR بسیار پلی مورفیک هستند و در مطالعات در مورد تنوع ژنتیکی، فیلوژنی، تگ ژن، نقشه برداری ژنوم و زیست شناسی تکاملی مفید هستند. این بررسی یک مرور کلی از جزئیات روش و کاربرد آن در ژنتیک و پرورش گیاه در طیف گسترده ای از گیاهان زراعی را فراهم می کند.

مقدمه

مارکرهای DNA در پرورش محصول به ویژه در مطالعات تنوع ژنتیکی و نقشه برداری ژن اثبات شده اند. سیستم های مارکر DNA مبتنی بر واکنش زنجیره ای پلیمریزاسیون (PCR) به روش پلی کربنیک (RAPD)، پلی مورفیسم طول قطعه تقویت شده تصادفی (AFLP) و اخیرا تکرارهای ساده (SSR) یا میکروس صوتی (Staub et al.، 1996؛ Gupta & ورشنی، 2000). محدودیت های عمده این روش ها کمبود قابل قبول RAPD، هزینه بالای AFLP و نیاز به دانستن توالی های جانبی برای توسعه پراکنده های اختصاصی گونه برای پلی مورفیسم SSR است. ISSR-PCR تکنیک است که بیشتر این محدودیت ها را برطرف می کند (Zietkiewicz و همکاران، 1994؛ Gupta و همکاران، 1994؛ Wu و همکاران، 1994؛ Meyer و همکاران، 1993). آن را به سرعت در حال استفاده توسط جامعه پژوهش در زمینه های مختلف بهبود گیاه (Godwin و همکاران، 1997). این تکنیک در زمینه های تنوع ژنتیکی، مطالعات فیلوژنتیک، تگ ژنی، نقشه برداری ژنوم و زیست شناسی تکاملی در طیف گسترده ای از گونه های محصول مفید است. در این روش SSR ها به عنوان پرایمر برای تقویت به طور عمده مناطق interSSR استفاده می شود. SSRs یا microsatellites تکرار دو طرفه کوتاه (STRs) و یا تعداد متغیر تکرار دو طرفه (VNTRs) 1-4 پایگاه DNA در همه جا در ژنوم های یوکاریوت وجود دارد (Tautz & Renz، 1984). آنها در سراسر ژنوم پراکنده شده و در تعداد واحدهای تکرار متفاوت هستند. جزئیات این تکنیک و برنامه های اصلی آن در این بررسی مورد بحث قرار گرفته است.

Year: 2002

Publisher : SPRINGER

By : M. Pradeep Reddy, N. Sarla & E.A. Siddiq

File Information: English Language/ 10 Page / size: 101 KB

Only site members can download free of charge after registering and adding to the cart

Download tutorial

سال : 1381

ناشر : SPRINGER

کاری از : M. Pradeep Reddy، N. Sarla & E.A. سدیق

اطلاعات فایل : زبان انگلیسی / 10 صفحه / حجم : KB 101

فقط اعضای سایت پس از ثبت نام و اضافه کردن به سبد خرید می توانند دانلود رایگان کنند.خوشحال می شویم به ما پبیوندید

آموزش دانلود