Development of DArT markers in olive (Olea europaea L.) and usefulness in variability studies and genome mapping

توضیحات

ABSTRACT

The present study reports the setting up of Diversity Arrays Technology (DArT) markers in olive (Olea europaea L.). Two genomic representations were generated using the PstI/TaqI combination. A first one was aimed to cover the variability available at the World Olive Germplasm Bank (WOGB) and it was based on DNA from 87 olive cultivars carefully selected from the WOGB to represent the olive variability. The second one was obtained from DNA of the parents of a mapping population, ‘Picual’ and ‘Arbequina’, and was used to increase the number of markers segregating within them. A total of 2031 and 1630 markers were used for diversity and mapping analyses, respectively to test the utility of DArT markers in olive. A set of 62 cultivars was genotyped with olive-specific DArT markers. A dendrogram was constructed confirming the relationships among olive cultivars reported in previous works. Besides, DArT markers permitted the unambiguous  discrimination of all 62 genotypes confirming thus their utility for identification studies, an important issue for management of germplasm collections. DArT markers also allowed the construction of a genetic map of olive using the population derived from the cross ‘Picual’ × ‘Arbequina’ and the pseudo-testcross mapping strategy. This map will be used as a framework map to add new markers derived from olive sequencing originating from the project OLEAGEN. In conclusion, olive-specific DArT markers will enhance identification and genetic studies in olive given their high throughput and low cost per data.

INTRODUCTION

Olive tree (Olea europaea) is one of the oldest fruit tree species cultivated in Mediterranean Basin with an important economical value. More than 1200 varieties have been so far described (Bartolini et al., 2005), most of them come from the empirical selection of the growers and are still restricted to their area of origin (Besnard et al., 2001). Olive has relatively small (2200 Mb) diploid (2n = 46) genome, predominantly allogamous nature and it is also characterized by its wide genetic patrimony, represented of thousands of local and old cultivars (Bartolini et al., 2005; De la Rosa et al., 2003). This huge genetic variability has been evaluated by different molecular markers including RAPDs (Durgac et al., 2010; Hagidimitriou et al., 2005), AFLPs (Rao et al., 2009), RFLPs (Besnard and Berville, 2002; De Caraffa et al., 2002), SCARs (Shu-Biao et al., 2004 ), ISSRs (Hess et al., 2000; Vargas and Kadereit, 2001), SSRs(Diaz et al., 2006; Sarri et al., 2006), and SNPs (Reale et al., 2006; Rekik et al., 2010).

چکیده

در این تحقیق، نشانگرهای فناوری Arrays Technology Variety (DArT) در زیتون (Olea europaea L.) گزارش شده است. دو تظاهرات ژنومی با استفاده از ترکیب PstI / TaqI تولید شد. هدف اول این بود که پوشش متغیرهای موجود در بانک جهانی Olive Germplasm (WOGB) را پوشش دهد و براساس DNA از 87 ارقام زیتون به دقت انتخاب شده از WOGB برای نشان دادن تغییرات زیتون بود. دومین مورد از DNA والدین یک جمعیت نقشه برداری «Picual» و «Arbequina» بدست آمد و برای افزایش تعداد نشانگرهای جدا شده درون آنها استفاده شد. در مجموع 2031 و 1630 مارکر برای تجزیه و تحلیل تنوع و نقشه برداری به ترتیب برای آزمایش شاخص های DArT در زیتون استفاده شد. مجموعه ای از 62 ارقام ژنوتیپ با نشانگرهای اختصاصی زیتون DArT بودند. یک دندروگرام ساخته شد که روابط میان ارقام زیتون را در کارهای قبلی نشان داد. علاوه بر این، نشانگرهای DArT اجازه تبعیض غیرمترقبه در تمام 62 ژنوتیپ را تایید کردند و به این ترتیب ابزارهای آنها برای مطالعات شناسایی، یک مسئله مهم برای مدیریت مجموعه ژرمپلاسم بود. نشانگرهای DArT همچنین ساخت یک نقشه ژنتیکی زیتون را با استفاده از جمعیت حاصل از صلیب ‘Picual’ × Arbequina و استراتژی نقشه برداری شبه تست کراس انجام دادند. این نقشه به عنوان یک نقشه چارچوب برای اضافه کردن نشانگرهای جدید مشتق شده از توالی زیتون از پروژه OLEAGEN استفاده می شود. در نتیجه، نشانگرهای DArT مخصوص زیتون شناسایی و بررسی ژنتیکی در زیتون را با توجه به توان بالا و کم هزینه هر داده افزایش می دهند.

مقدمه

درخت زیتون (Olea europaea) یکی از قدیمی ترین گونه های درخت میوه ای است که در حوزه دریای مدیترانه با ارزش اقتصادی قابل توجهی برخوردار است. بیش از 1200 گونه تا کنون توصیف شده است (Bartolini و همکاران، 2005)، بیشتر آنها از انتخاب تجربی از تولید کنندگان استفاده می شود و هنوز هم به منطقه منشا آنها محدود می شود (Besnard et al.، 2001). زیتون دارای ژنوم دیپلوئید (2n = 46) نسبتا کوچک (2200 مگابایت) است که عمدتا طبیعت آلوگاموس است و همچنین با وحشی گسترده ژنتیکی آن، از هزاران ارقام محلی و قدیمی نشان داده شده است (Bartolini et al.، 2005؛ De la Rosa et al.، 2003). این متغیرهای ژنتیکی عظیم با نشانگرهای مولکولی مختلف شامل RAPD ها (Durgac et al.، 2010؛ Hagidimitriou et al.، 2005)، AFLPs (Rao و همکاران، 2009)، RFLPs (Besnard and Berville، 2002؛ De Caraffa et al als، 2002)، SCARs (Shu-Biao و همکاران، 2004)، ISSRs (Hess et al.، 2000؛ Vargas and Kadereit، 2001)، SSRs (Diaz و همکاران، 2006؛ Sarri et al.، 2006) و SNPs (Reale و همکاران، 2006؛ Rekik و همکاران، 2010).

Year: 2012

Publisher : ELSEVIER

By :  M.C. Domínguez-García , A. Belaj a, R. De la Rosa , Z. Satovic , K. Heller-Uszynska , A. Kilian c,A. Martín , S.G. Atienza

File Information: English Language/ 11 Page / size: 497 KB

Only site members can download free of charge after registering and adding to the cart

Download tutorial

سال : 1391

ناشر : ELSEVIER

کاری از : M.C. Domínguez-García، A. Belaj a، R. De la Rosa، Z. Satovic، K. Heller-Uszynska، A. Kilian c، A. مارتین، S.G.Atienza

اطلاعات فایل : زبان انگلیسی / 11 صفحه / حجم : KB 497

فقط اعضای سایت پس از ثبت نام و اضافه کردن به سبد خرید می توانند دانلود رایگان کنند.خوشحال می شویم به ما پبیوندید

آموزش دانلود